Ursprünglich bestand Bruchhausen-Vilsen aus den drei Flecken Mohr, Vilsen und Bruchhausen. Bruchhausen wurde erstmals 1189 urkundlich erwähnt, Vilsen im Jahre 1227. Bruchhausen wurde in der Vergangenheit auch Altbruchhausen genannt, um es vom nicht weit entfernten Neubruchhausen unterscheiden zu können. Eine Erwähnung von Bruchhausen findet sich in der Topograhia Braunschweig und Lüneburg aus dem Jahre 1654/1658.
1870 wurden Mohr und Bruchhausen zur Gemeinde Bruchhausen vereinigt. Die Flecken Bruchhausen und Vilsen wurden 1929 durch eine Zusammenlegung zum Flecken Bruchhausen-Vilsen. 1974 wurden die bis dahin selbstständigen Orte Berxen, Homfeld und Wöpse eingemeindet. Seit 1974 ist Bruchhausen-Vilsen Verwaltungsmittelpunkt der Samtgemeinde Bruchhausen-Vilsen. 1976 wurde Bruchhausen-Vilsen als Luftkurot anerkannt. Zum 1. November 2011 wurde der Flecken aufgelöst und bildete zusammen mit der Gemeinde Engeln den neuen Flecken Bruchhausen-Vilsen.