Besiedelt war das Gebiet der heutigen Großgemeinde Großenkneten bereits zur Zeit des Neolithikums (8.000 - 2.000 v. Chr.). Aus dieser Zeit sind im Gemeindegebiet sogenannte Hünengräber der Megalithkultur erhalten. Zu nennen sind etwa das Großsteingrab Bakenhus zwischen Ahlhorn und Großenkneten, das Hügelgrab Huntlosen südöstlich von Huntlosen, das Großsteingrab Wittenhöge westlich von Huntlosen und das Hügelgräberfeld Hespenbusch östlich von Großenkneten. Weitere Hünengräber wurden entweder zerstört oder liegen auf Privatgrundstücken.
Die Ortschaften wie Großenkneten, Huntlosen, Döhlen und Sage wurden bereits im 9. Jahrhundert urkundlich erwähnt.
1933 wird die damalige Gemeinde Huntlosen in die Gemeinde Großenkneten eingegliedert. Dadurch erhält Großenkneten seine heutige Ausdehnung.
Zwischen 1952 und 1957 betreibt Karl Poggensee und der von ihm gegründete Verein DAFRA (= Deutsche Arbeitsgesellschaft für Raketenangelegenheiten) nahe dem Gehöft Hespenbusch einen Startplatz für kleine Versuchsraketen mit einer Gipfelhöhe von einigen Kilometern. 1957 wird das zur Verfügung stehende Areal zu klein und die Startaktivitäten nach Cuxhaven verlegt.
Im Gemeindeteil Sage befindet sich eine der weltgrößten, modernsten und umweltfreundlichsten Erdgasaufbereitungsanlagen. Hier wird das in Norddeutschland häufig vorkommende Sauergas gereinigt, indem der Schwefelwasserstoff entzogen wird. Betrieben wird sie von der Firma Exxon Mobil.
In den 1980er Jahren wurde Großenkneten überregional bekannt, als die ortsansässige Gruppe Trio auf ihre erste LP ihre Privatadresse in Großenkneten druckte ("Trio, Regenterstr. 10a, 2907 Großenkneten 2").
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